魏学曾，字惟贯，号确庵，泾阳人，明朝大臣、学者。历任户部郎中、右佥都御史、辽东巡抚、右副都御史、吏部左侍郎等职。在辽东时，讨平哗变、抵御蒙古，又厘治屯田。内阁首辅张居正主政后，魏学曾因与其不和，被贬回乡。张居正死后，改以南京户部尚书致仕，受命为兵部尚书兼右副都御史，总督四镇军务。一意主战，派兵击杀河套回部首领唐兀·明安，获授太子太保。宁夏之役时，调集大军进剿哱拜，直抵宁夏城下，并制定决河灌城的计策，后因应变不力而遭监军梅国桢等弹劾，被逮至北京，战后经朝臣申冤，得以复职致仕，去世年七十二，追谥“恭襄”。
魏学曾，十四岁时为紫阳诸生，参加陕西乡试，中举人，登进士第，释褐任户部浙江司主事，升任户部员外郎、户部郎中。当时，有宦官为商人请求支取上万两粮草银，因魏学曾坚决反对而作罢，之后升为光禄少卿，又升都察院右佥都御史、巡抚辽东。在辽东任职时，士兵黄勇作乱，魏学曾用计将其擒获。
隆庆初年，蒙古察哈尔部大举进攻永平，魏学曾进驻山海关，命王治道等诸将追击至义院口，取得大胜，旋即升衔为都察院右副都御史。其后，他调换将吏，招纳降将，厘治屯田二千多顷，数次击败敌人，获朝廷封赏。后因病离任，又被起用为兵部右侍郎，提督神枢营，旋即改任吏部左侍郎。
穆宗崩逝，大学士高拱想排挤司礼监太监冯保，嘱咐御史弹劾他，魏学曾修书大学士张居正，说：“朝臣都说您与冯保有图谋，先帝遗诏也是出自您之手。今天的事情是不应该庇护这个阉官。”张居正大怒。高拱被逐出朝廷，满朝文武都大惊失色，唯独魏学曾高声地说：“皇上登位伊始，就贬逐顾命大臣，诏书出自何人，不能不公开告诉百官。”他要求各位大臣到张居正的府邸争论此事，各大臣多数不肯去，张居正也以疾病推辞诸臣来访。
从此，魏学曾与张居正的关系更加恶劣，之后他被贬为南京右都御史，还未上任，又被迎合张居正的给事中宗弘暹弹劾，朝廷下诏让他以原职等候调遣，魏学曾于是回到家乡。张居正死后一年多，魏学曾被起用为南京户部右侍郎，又被征召为都察院右都御史，督察仓场。不久，从南京户部尚书任上致仕。
顺义王扯力克西赴青海，火落赤、真相等部进犯洮州，临洮副总兵李奎、李联芳先后被杀。朝廷命戎政尚书郑洛经略七镇并兼任总督，郑洛坚辞总督之职。经内阁大臣王锡爵推荐，神宗起用魏学曾为兵部尚书兼都察院右副都御史，总督陕西、延、宁、甘肃军务。当时，郑洛主张议和，魏学曾到任后，与他意见不合，并得到了陕西巡抚叶梦熊的支持，二人抨击郑洛玩忽职守。恰好扯力克东归，火落赤诸部也迁走，魏学曾道听途说，上奏认为扯力克虽然归去，暗地里却留了两万精兵在嘉峪，想帮助火落赤、真相。此言得到朝官的争相附和，王锡爵心里后悔，上疏奏明，又送信责备叶梦熊。兵部尚书石星认为扯力克既然东归，宣府、大同方面的局势就很紧急，于是将郑洛召回商议安抚事宜，不理魏学曾的奏疏。
不久后，河套回部首领唐兀·明安完成互市交易，要求增加赏赐，魏学曾命令总兵杜桐、神木参将张刚、孤山游击李绍祖出其不意将其斩杀，斩首四百五十余级，生擒二十余人，夺马匹器械无数。魏学曾因功加为太子少保，而唐兀·明安之子摆言太声言为父复仇，号召各部落，使西北地区兵端大开。
致仕宁夏副总兵哱拜反叛，杀死巡抚党馨及副使石继芳，逼迫总兵官张维忠自杀，其子哱承恩攻陷玉泉营、中卫、广武，黄河以西地区望风而降，只有平虏在参将萧如薰坚守下坚决不降。随后，叛军进一步夺取了黄河以西的四十七座城堡，并且渡过了黄河，又引诱河套地区的蒙古首领著力兔歹成台吉、宰僧等部进犯平虏、花马池，陕西全境震动。
魏学曾下令副总兵李昫率游击吴显赶赴灵州，另遣游击赵武赴鸣沙州，沿黄河一带阻止叛军南渡，自己进驻花马池，正当叛军的冲要。李昫等渡过黄河，收复了被占领的四十七座城堡，只有宁夏镇城还被叛军盘踞。著力兔等部与叛军遥相呼应，哱拜、土文秀进攻赵武于玉泉。哱云引导著力兔攻平虏，被萧如薰设下埋伏射死。李昫回救赵武，成功解围，李昫领兵与前任总兵牛秉忠抵达宁夏镇城下。
当时，神宗已提拔董一奎为总兵，李贲为副职。不久，又命萧如薰接替董一奎、麻贵接替李贲，二人还未到任，李昫等已经攻城。叛军从东西二门各派骁勇善战的骑兵三千迎战，步兵排列火车为阵营，明军发动进攻，夺得战车百辆，乘胜追击，将叛军逼入湖内，叛军淹死的不可胜计。次日，许朝、土文秀等叛将胁迫庆王登上东城，乞求暂时罢兵，诡称愿意献出叛乱首领的脑袋，正好明军粮草耗尽，于是退至附近的城堡休整。
魏学曾日夜办理粮草，调动延绥、庄浪、兰、靖、榆林的部队，道路遥远，打造的船只也没有准备好，于是驻于花马池，等部队一到就移到灵州。很快，延绥游击姜显谟、都司萧如蕙，甘州前任总兵张杰及麻贵军都到了，又抵达宁夏镇城进攻。叛军考虑到延绥、榆林的明军出动后，城内空虚，便勾结黄台吉的妻子，命令他儿子舍达夫等人攻掠旧安边、砖井堡以牵制明军。哱承恩又以计谋集合叛贼兵力，埋伏在延汉渠，抢掠二百辆运粮的车子。
魏学曾从花马池回灵州，被叛贼包围，直至援军抵达后才获救，麻贵等数次攻城未能攻下，庆王妃方氏自尽，庆府的宫人、金帛被抢掠一空。朱秉忠在战斗中右腿负伤，于是明军再次撤回。此时，神宗听从兵部尚书石星的建议，赐给魏学曾尚方宝剑督战，允许他将“违者立斩”。正好宁夏巡抚朱正色、甘肃巡抚叶梦熊、监军御史梅国桢，大将刘承嗣、董一奎、李如松先后抵达，明军再一次攻城，仍连战不下。
起初，魏学曾、朱正色招降叛军大将刘东旸、许朝不成，使得所派使者叶得新骂贼遇害、曾总管宁夏军的张杰被扣压，神宗严词责备招安的计划。到这时，宁夏镇城中的百户姚钦、武生张遐岭用箭将一信射到城外，相约为内应，半夜点火为信号。火点后，城外的官军未到，叛贼将与姚钦同谋的五十余人杀死，姚钦逃奔明军大营。当时，叛军对外假意要求抚恤以缓兵，暗地里与盗匪勾结，然而粮食已吃完，形势更为不利。
魏学曾与叶梦熊、梅国桢定下计策，决堤引黄河灌城。此时，河套部落的卜失免、庄秃赖率三万骑兵进犯定边、小盐池，以铁雷为前锋，另派宰僧领一万骑兵从花马池以西的沙湃口进攻，声援哱拜。麻贵在右沟成功将其阻击，使其分路赴下马关及鸣沙州，魏学曾命游击龚子敬扼守沙湃口，征延绥总兵官董一元捣毁铁雷的巢穴，斩首一百三十余级，河套诸部大惊而走。
在沙湃口包围龚子敬，龚子敬战死，但叛军至此失去了外援。魏学曾增大坝水决口，黄河决口，大堤毁坏，又修治大堤，宁夏镇城外水深有八、九尺，东西城崩塌百余丈。著力兔、宰僧又进入李刚堡，被李如松、麻贵等击败并追赶至贺兰山，叛军更加害怕，要求和议，明军对是和是战悬而未决。
魏学曾招降刘东旸、许朝时，曾停驻固原十余日等待消息，被神宗责以玩忽职守。李昫渡黄河又稍迟，使得松山、河套诸部先进入，明军由是再次失利。魏学曾在平叛伊始，曾上疏要求监军不要参与兵事，神宗命梅国桢遵守，梅国桢对此颇为不满。其后，梅国桢弹劾诸将观望，并定魏学曾为“玩寇”罪。给事中许子伟也弹劾魏学曾为招抚所迷惑，耽误了国事。梅国桢又说佥事随府从城上逃下，叛军命令四个人下来捉拿，明军距离咫尺却不敢上前救援。而北边河套诸部数万人截断明军粮道，杀戮无数，魏学曾却隐匿而不上报。神宗得报大怒，将魏学曾逮至京师，而命叶梦熊接替任职。史称叶梦熊执行魏学曾的计划，“遂成功”，据记载，魏学曾被捕时，朝臣数十人上疏援救，宁夏将士也“号泣送之”。
魏学曾逮捕不到一个月，宁夏城破，明军乘势而入，哱拜之乱平定，神宗在诏书中称魏学曾“功魁实罪首也”，将其夺职为民，后朝廷论功，命他以原官致仕。
魏学曾任事勤劳，灌城招降的计策，本是他的建议，等到奏捷时，神宗召见大学士赵志皋、张位，二人极力为魏学曾辩解，兵部尚书石星等朝臣多称魏学曾无罪，梅国桢也上疏说：“魏学曾应变稍慢，臣请求责备诸将是要振奋士气，而逮捕魏学曾的命令，发自臣的上疏，臣深感悔恨。魏学曾不获昭雪，臣将受到万世的讥刺。”李如松说：“魏学曾被捕时，三军将士泪如雨下。”叶梦熊也将功劳归于魏学曾，神宗开始不听，后来才恢复魏学曾的官职。
魏学曾在泾阳家中去世，享年七十二岁，御史张邦俊建议为魏学曾等十四人补谥，但未获准，神宗赐祭四坛，“给全葬”。天启年初，礼部左侍郎周道登奏请补上魏学曾等四十四人的“职名行实”，熹宗准奏予谥，熹宗下诏赐魏学曾谥号为“恭襄”。